Canuto era o terceiro filho dos treze filhos naturais de Suenon II, rei da Dinamarca, e nasceu em data incerta em meados do século XI. Criado com sabedoria e nobreza, desde pequeno mostrou muita inclinação para a virtude, especialmente para a oração.
Nessa época a coroa da Dinamarca era eletiva, e ele foi eleito rei após a morte de seu irmão Haroldo pelo ano 1080. Canuto casou-se com Elta, filha do Conde de Flandres, e com ela teve um filho, Carlos, o Bom, também elevado à honra dos altares.
Quando tomou as rédeas do reino, Canuto aplicou-se em dele expurgar as desordens e vícios, comuns naquele tempo ainda primitivos; dominou populações bárbaras e inquietas do norte do país, promoveu o bem-estar do povo, protegeu a Igreja e seu clero e fomentou a cristianização numa época em que o paganismo ainda não tinha sido de todo extinto.
São Canuto era um enérgico governante como está provado em sua firme posição com o pirata Eigil. A felicidade de seu povo e os interesses da Igreja eram os objetivos mais caros para ele.Sua austeridade se igualava à sua assiduidade à oração.
O santo contribuiu muito para a evangelização de seu povo, ainda semi-bárbaro. Seu apostolado era sobretudo o do bom exemplo, pois ele acreditava que a melhor forma que teria de se educar uma nação seria a de ser para ela um modelo. Foi pai, esposo, governador e rei, cujos poderes usou para servir a Jesus Cristo, Nosso Senhor.
Canuto foi, segundo todos os registros e sem nenhuma voz discordante, um rei que deixou em todos os seus atos a marca da justiça e da caridade, com uma política inteiramente voltada em benefício dos necessitados. Além disso, favoreceu grandemente o cristianismo, fazendo construir dezenas de igrejas, conventos, escolas e hospitais.
Um dia São Canuto recebeu um pedido dos ingleses em sua luta contra Guilherme o Conquistador, que invadira seu país. O rei reuniu tropas para isso, planejando partir para a Inglaterra em 1085. Mas essa iniciativa fracassou por causa da traição de seu irmão Olavo. Ora, para saldar as grandes despesas feitas com toda a mobilização, foi preciso impor contribuições à nobreza. Entretanto alguns nobres combinaram entre si nada pagar, além de recusar também os dízimos à Igreja. Também, por sua piedade e pela direção acentuadamente religiosa que Canuto dava a seu governo, muitos descontentes conjuravam-se contra ele, somando-se aos nobres revoltosos.
Canuto pensou em marchar contra os rebeldes com suas tropas. Mas, mal aconselhado, e mais uma vez traído, deteve-se longamente na ilha de Funen onde, no dia 10 de julho de 1086, foi surpreendido pelos rebeldes. O rei estava praticamente indefeso, rezando na igreja de Santo Albano. Vendo que estava perdido, preparou-se para a morte. Os conjurados entraram na igreja e o encontraram ajoelhado diante do altar com os braços em cruz. Mataram-no então sem piedade, do mesmo modo que a seu irmão Benedito e a dezessete pessoas que com ele estavam. O santo tinha apenas quarenta e seis anos de idade.
Sua morte, por ter sido ocasionada sobretudo pela defesa que fazia da Igreja e da religião, foi considerada como martírio, e muitos milagres foram registrados em seu túmulo, pelo que passou a ser venerado pelo povo.
De modo que, em 1100, os emissários do rei Eric III entregaram o seu processo de canonização ao papa Pascoal II. No ano seguinte, seu culto foi autorizado, e o rei São Canuto IV, declarado o padroeiro da Dinamarca.